Puedes eliminar cuentas FTP desde tu cPanel -> Archivos -> Cuentas de FTP
Verás un listado de las cuentas de FTP, donde podrás eliminar cuentas de FTP que hayas creado anteriormente. La cuenta de FTP predeterminada no se puede eliminar.
Para cada cuenta tienes varias opciones (cambiar contraseña, cambiar cuota, eliminar y configurar cliente de FTP)
Si pulsas en Eliminar, borrarás la cuenta de FTP.
Si eliminas una cuenta de FTP que hayas creado no hagas clic sobre la opción «Eliminar el directorio principal del usuario» porque eliminarás también los archivos de la carpeta a la que se acceda desde dicha cuenta. Si esta carpeta es /public_html, estarás eliminando TODOS los archivos de /public_html (el contenido de todas tus webs en el hosting).
Selecciona sólo la opción de Eliminar el directorio principal del usuario cuando tengas la seguridad de que no necesitas el contenido de dicho directorio/carpeta al que apunta la cuenta de FTP que vayas a eliminar