Si has creado una cuenta de FTP en tu cPanel y al usarla (acceder con esa cuenta por FTP al servidor) no ves los archivos y sólo ves un fichero «.ftpquota» esto ocurre porque la cuenta apunta a una carpeta vacía.
Ten en cuenta que cuando creas una cuenta de FTP en tu cPanel, por defecto se configura con acceso a una carpeta /carpeta_raiz_de_tu_dominio/cuenta_FTP (una nueva carpeta, vacía que no corresponderá con la carpeta donde está tu web/ficheros )
Para que muestre los ficheros de tu web, elimina la cuenta FTP creada y vuelve a crearla pero fíjate que en el formulario de creación de la cuenta, en el campo de Directorio pones la ruta de la carpeta a la que quieres acceder.
Si quieres que acceda a la web del dominio principal deberás escribir public_html pero si quieres que acceda a otra carpeta (por ejemplo a la carpeta de otra web en el directorio public_html/otrodominio) deberás escribir la ruta a ese directorio (public_html/otrodominio en el ejemplo)