El fichero .htaccess es un fichero oculto, por lo que para poder verlo y acceder a él, debes habilitar en el administrador de archivos de tu cpanel la opción de mostrar los ficheros ocultos (dotfiles)
Por defecto estos ficheros y carpetas (cuyo nombre empieza con un punto «.» como .htaccess, .ftpquota y otros) no se muestran en el administrador del cpanel.
Para habilitar que se muestren, debes acceder a tu cpanel -> Archivos -> Administrador de archivos
Una vez dentro del administrador, accede a las opciones en el botón de Configuración que se encuentra en la parte superior derecha de la pantalla:

En la ventana emergente, marca la opción de Mostrar archivos ocultos (dotfiles) y guarda los cambios (con el botón de Guardar o Save)

Tras activar esta configuración y guardarla, verás todos los ficheros y carpetas ocultos (los que su nombre empieza con un punto «.» como .htaccess y otros)

Revisa el artículo de nuestro blog «.htaccess en wePanel / cPanel ¿dónde está el archivo?» para más información.