El directorio raíz de un dominio es la carpeta a la que apunta el dominio, que contiene los ficheros y carpetas de la web que carga dicho dominio.
En wePanel / cPanel, el dominio principal apunta a la carpeta public_html de tu cuenta.
Los dominios aparcados (parqueados, alias o apuntados) también apuntan a la carpeta public_html
Los dominios adicionales (de complemento) apuntan a la carpeta que tengan configurada en wePanel / cPanel > Dominios > Dominios adicionales
Si realizas una revisión de tu cuenta de hosting con nuestro asistente virtual Stephan, podrás ver en el informe los dominios y subdominios configurados en tu hosting y para cada uno, la carpeta a la que apunta (su carpeta raíz). Lo ves en el bloque de Dominios en la cuenta -> Dominio Principal, subdominios, adicionales y aparcados :

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