Puedes subir ficheros a tu cuenta de hosting (lo habitual es subirlos en la carpeta raíz de tu web) usando el administrador de archivos del cPanel
Accede a tu cpanel -> Archivos -> Administrador de archivos
Luego accede a la carpeta en la que necesites subir el fichero y una vez dentro, pulsa en el botón de Cargar del menú superior.
En la siguiente pantalla, tienes un apartado para subir el fichero o ficheros.
Puedes arrastrar y soltar ahí los ficheros, o usar el botón de «Seleccionar archivo» para seleccionar el archivo (o archivos) en tu equipo.
Tienes una opción de Sobrescribir archivos existentes que deberás marcar si ya existe en esa carpeta un fichero con el mismo nombre que el que vas a subir, para sobreescribirlo con el nuevo.
Una vez subido el archivo, se mostrará aviso en esa misma pantalla (punto 1 en la siguiente imagen), y podrás subir más ficheros a esa misma carpeta o salir hacia atrás con el link de abajo de Volver a «la-ruta-de-la-carpeta» (punto 2 en la siguiente imagen)