Sí, puedes crear cuentas de correo para nuevos dominios que hayas añadido a tu hosting (tanto para dominios adicionales o de complemento como para dominios aparcados/apuntados).
Ten en cuenta que para que el correo funcione correctamente en tu hosting de Webempresa, los registros MX y registros DNS relacionados con el correo (mail.tudominio.com por ejemplo) deben apuntar al hosting