Si nuestra web lleva tiempo en funcionamiento, la base de datos puede estar acumulando registros antiguos, registros no necesarios, obsoletos o información que ya no esté en uso.
Esto hace dos cosas, una que la bse de datos crezca sin sentido ( ocupando espacio innecesario en nuestro hoting) y otra que sea más lenta (y por lo tanto también tu web).
Podemos optimizar nuestra base de datos (previa copia de seguridad, por si acaso) fácilmente desde nuestro Panel de control del hosting -> Bases de datos -> PhpMyAdmin

1.- En el panel de la izquierda accede a la base de datos que quieres optimizar, pulsando sobre ella en el listado.
En el panel de la derecha verás las tablas de esa base de datos.
2.- Marca la opción de la parte inferior para seleccionar todas las tablas: «Seleccionar todo» (Si sólo quieres optimizar ciertas tablas, en vez de seleccionar todo, selecciona la tabla o tablas a optimizar)
3.- En el desplegable de acciones (Para los elementos seleccionados), selecciona la opción Optimizar la tabla

Esto ejecutará la consulta OPTIMIZE TABLE SQL en las tablas seleccionadas y serán optimizadas y mostrará el resultado en pantalla:

Si prefieres no realizar esta tarea directamente desde phpMyAdmin, existen plugins que realizan esta tarea por ti, como explicamos en nuestro blog:
Optimiza la base de datos de WordPress sin usar PhpMyAdmin
Realiza una limpieza y mejora el rendimiento de tu base de datos en WordPress
Optimiza tu base de datos, elimina las revisiones de WordPress
Optimiza las tablas con muchos registros en PrestaShop